Le jour de son treizième anniversaire, Harry reçoit des lettres et des cadeaux de ses amis, ainsi que de Poudlard avec une demande de permission à signer pour aller à Pré-au-lard. Le cadeau de la famille Dursley est bien moins plaisant : la tante Marge va passer une semaine au 4 Privet Drive. Le dernier soir où elle est là, elle insulte les parents d’Harry, qui furieux perd le contrôle et la fait enfler, avant de quitter la maison. Dans une rue noire, il aperçoit un gros chien noir, mais agitant sa baguette, le Magicobus apparaît. Pendant qu’il l’emmène à Londres, Stan Rocade, le contrôleur du bus, lui apprend qui est Sirius Black : un ancien supporter de Voldemort ayant tué 13 personnes et qui vient de s’échapper d’Azkaban, la prison des sorciers où il était enfermé depuis 12 ans. Arrivé au Chaudron Baveur, il est accueilli par le Ministre de la Magie en personne qui le blanchit pour sa violation de la loi, et le force à rester sur le Chemin de Traverse pendant le reste des vacances. Là il apprendra que Sirius Black s’est échappé pour le tuer.
Un début d’année mouvementé à Poudlard
Dans le Poudlard Express Harry s’évanouit lorsqu’un Détraqueur - les gardiens d’Azkaban - entre dans son compartiment. A Poudlard il débute deux nouvelles matières, la divination et le soin aux créatures magiques. Lors du premier cours de divination, le professeur Trelawney lui annonce sa mort imminente en regardant sa tasse de thé qui contiendrait le Sinistros, un grand chien noir. Hagrid, promu professeur de soins aux créatures magiques, est dans l’embarras après son premier cours où Drago Malefoy est blessé par l’hippogriffe Buckbeack après l’avoir insulté. Le professeur Lupin fait presque l’unanimité après avoir fait affronter un Epouvantard à tous les élèves, sauf Harry, lors du premier cours de Défense contre les forces du Mal. Cependant Harry se pose de plus en plus de questions.
Détraqueurs, maraudeurs, patronus et quidditch
Le soir d’Halloween le portrait de la grosse dame qui garde l’accès à la tour des Gryffondor est attaqué par Sirius Black. Le premier match de quidditch a lieu : Harry perd son premier match de sa vie face à Poufsouffle après avoir fait une chute de 30 mètres à cause des Détraqueurs, pire son Nimbus 2000 est détruit. Harry se rend à Pré-au-lard grâce à l’aide de la carte du maraudeur, qui indique tout de Poudlard : élèves, professeurs, passages secrets. Il y apprend, malgré lui, que son père était ami avec Sirius Black qui est également son parrain, mais surtout le traître qui a vendu les Potter à Voldemort et tué un autre de leurs amis : Peter Pettigrow. A Noël Harry reçoit un Eclair de feu, mais il lui est enlevé par McGonagall sous l’action d’Hermione qui pense que c’est Black qui lui en a fait cadeau. Comme promis par le professeur Lupin, Harry apprend à faire apparaître un Patronus qui repoussera les Détraqueurs. Mais il fait très peu de progrès avant le deuxième match de quidditch et continue d’entendre la mort de ses parents dans sa tête lors de ces cours. Le jour où Harry récupère son Eclair de feu qui n’est pas ensorcelé, le chat d’Hermione Pattenrond mange Croutard, le rat de Ron. Gryffondor remporte le match de quidditch grâce à l’Eclair de feu d’Harry qui réussit surtout à faire apparaître un Patronus vers des faux Détraqueurs : Malefoy et ses acolytes déguisés. Pendant la nuit, Ron est réveillé par Sirius Black qui s’est introduit dans le dortoir avec un couteau, mais chose étrange il s’enfuit. Harry se rend une nouvelle fois à Pré-au-lard sous sa cape d’invisibilité, mais Malefoy aperçoit sa tête. Rentré précipitamment à Poudlard, Harry se voit sauver la mise par Lupin qui connaît l’existence de la carte et la lui confisque en lui faisant des remontrances. Apprenant que Buck va être mis à mort, Ron et Hermione se réconcilient. Cette dernière gifle Malefoy et arrête la divination le même jour. Harry permet à Gryffondor de battre les Serpentard au quidditch et de gagner la coupe.
Lunard, Queudver, Patmol et Cornedrue
Les examens de fin d’année arrivent. Lors de son examen de divination, le professeur Trelawney semble effectuer une véritable prophétie, annonçant la fuite d’un serviteur de Voldemort qui lui permettra de reprendre forme humaine. Ils apprennent le même jour qu’Hagrid a perdu en appel pour sauver Buckbeack, et qu’il va être mis à mort. Les trois amis lui rendent visite, et retrouve Croûtard. Alors qu’ils viennent d’entendre le bruit de la hache du bourreau, Croûtard s’échappe des mains de Ron, qui est lui attaqué par un gros chien noir qui l’emmène sous le Saule Cogneur. Harry et Hermione s’y glisse grâce à l’aide de Pattenrond. Ils découvrent que le chien n’est autre que Black. Lupin entre à son tour et salue Black comme un vieil ami. Les deux amis vont raconter leur histoire : à Poudlard James Potter, Sirius Black, Remus Lupin et Peter Pettigrow étaient amis, Lupin étant un loup-garou, les trois autres apprirent à devenir Animagi. Alors qu’ils en arrivent à parler de Rogue, celui-ci fait irruption dans la pièce, mais il est projeté contre un mur par des « Expelliarmus » d’Harry, Ron et Hermione. Sirius et Lupin font apparaître Petter Pettigrow, qui n’est autre que Croûtard. C’était lui finalement le traître, mais Harry les empêche de le tuer, pour le livrer aux détraqueurs, ne voulant pas que les deux amis de son père deviennent des meurtriers. Ils sortent de sous le Saule Cogneur, mais c’est la pleine lune ; Lupin se transforme en loup-garou, Sirius en chien pour protéger les autres, et Pettigrow au final qui parvient à s’échapper. Harry et Hermione retrouvent Sirius étendu au bord du lac avec des Détraqueurs qui lui aspirent son âme. Harry et Hermione tentent de l’aider, mais s’évanouissent l’un après l’autre. Harry a tout juste le temps d’apercevoir quelqu’un conjurer un patronus faisant fuir les Détraqueurs. Qui est-ce ?
Sauver les deux innocents
Harry et Hermione se réveillent à l’infirmerie et entendent dirent que Sirius va subir le baiser des détraqueurs. Dumbledore qui croit la version de Sirius leur indique qu’il faudrait plus de temps pour sauver deux innocents. Hermione révèle son secret à Harry, pendant toute l’année elle a suivit tous ses cours grâce à un retourneur de temps. Ils reviennent dans le temps juste avant la mort de Buck. Ils le sauvent avec maintes difficultés. Harry ne peut empêcher Pettigrow de se sauver, en raison des dangers qu’il y a à modifier le passé. Cependant c’est lui qui sauve Hermione, Sirius, ainsi que son autre lui en conjurant un patronus ayant la forme d’un cerf qui fait fuir les détraqueurs. Ils permettent à Sirius de s’échapper sur le dos de Buck.
La crainte de la prophétie
Revenus à l’infirmerie, ils assistent à la colère de Rogue qui est persuadé qu’Harry a aidé Sirius à s’échapper. Lupin démissionne en rendant la Carte du Maraudeur à Harry. Dumbledore explique à Harry qu’il a sûrement entendu une véritable prophétie par le professeur Trelawney. Cependant il lui indique - et cela malgré tout ce qu’Harry se reproche - qu’il doute fort que Voldemort veuille d’un serviteur ayant une dette envers Harry. Ce doute se vérifiera-t-il ?