Le livre s’ouvre sur Privet Drive, un quartier au sud-est de Londres, le 1er Novembre 1981. La nuit tombée, les professeurs Dumbledore et McGonagall ainsi qu’Hagrid, le garde chasse de l’école de sorcellerie, se retrouvent devant la maison des Dursley pour déposer le petit Harry Potter dont les parents, Lily et James, ont été tués par Voldemort qui a lui disparu en s’attaquant à Harry.
Dès le chapitre suivant, dix ans se sont écoulés et l’on retrouve Harry, toujours pensionnaire chez l’oncle Vernon, la tante Pétunia et le cousin Dudley, qui composent à eux trois la famille Dursley. Il est maltraité par l’ensemble de ces derniers, marqué par une cicatrice frontale en forme d’éclair et naïf sur l’origine d’événements étranges tels que le lâcher d’un boa sur son cousin Dudley alors qu’ils visitaient un zoo. Harry vivait dans un placard sous l’escalier quand il reçoit une lettre adressée à son nom qui ne laissait douter qu’une personne bien réelle savait qu’il vivait dans un placard. L’oncle Vernon lui interdit formellement de consulter le contenu de cette lettre mais ces dernières arrivent en nombre doublé chaque jour. Après plusieurs jours d’étreinte infernale avec toutes ces lettres, le chef de la famille Dursley emmène ses congénères dans une cabane située dans un rocher au milieu de la mer. Alors que minuit sonne et qu’Harry va avoir 11 ans, ce dernier, qui ne dort pas, est stupéfié quand la porte est détruite et laisse la lumière dessiner l’ombre d’un géant. C’est Rubeus Hagrid, gardien des clés de Poudlard (l’école de sorcellerie), dont Harry n’a, à son grand désespoir, jamais entendu parler. Le géant n’en est que davantage aigri quand il découvre qu’Harry ne connaît rien sur ses parents et se charge, par conséquent, en quelques lignes, de lui expliquer son passé et ce qu’il est : un sorcier. Après un léger quiproquo avec la tante Pétunia et l’oncle Vernon, Hagrid embarque avec Harry dans le monde magique.
Un nouveau monde
Après avoir expliqué à Harry diverses choses sur son passé, Hagrid l’emmène sur le Chemin de Traverse, un lieu unique à Londres où tous les étudiants peuvent y trouver le matériel scolaire nécessaire. A la banque des sorciers : Gringotts, Harry découvre dans un premier temps que ses parents ne l’ont pas laissé sans un sou, alors que, dans un second temps, Hagrid récupère un paquet secret destiné à être remis à Albus Dumbledore, le directeur de l’école de sorcellerie. Harry reçoit également son premier cadeau d’anniversaire : une chouette offerte par Hagrid qu’il prénomme Hedwige. Il fait l’acquisition de sa baguette magique chez Ollivander qui lui révèlera le jumelage de cette dernière avec la baguette du Seigneur des Ténèbres, le meurtrier de ses parents.
Le 1er septembre arrivé, Harry se rend à la gare King’s Cross pour monter à bord du Poudlard Express mais la difficulté est de savoir comment accéder à la voie 93/4. Il rencontre donc la famille Weasley, et en particulier leur fils Ron, qui lui montre comment emprunter la voie qui mène au Poudlard Express.
A bord du train, il fait la rencontre d’Hermione Granger, une apprentie sorcière plutôt douée, et celle de Drago Malfoy, un garçon odieux.
La découverte de l’école
Arrivé à l’école de sorcellerie, Harry assiste à la cérémonie du Choixpeau Magique, au cours de laquelle un vieux chapeau de sorcier attribue une maison à chaque nouvel élève de l’école. Ron et Hermione sont immédiatement envoyés à Gryffondor et Drago à Serpentard. Harry, bien que le Choixpeau veuille l’envoyer à Serpentard, finit à Gryffondor.
Très vite, Harry Potter, déjà admiré à cause de son nom, se fait remarquer. En récupérant en vol le Rappeltout de Neville Londubat, volé par Drago Malfoy, il se fait repérer par Minerva McGonagall, la directrice de la maison Gryffondor, et est engagé dans l’équipe de Quidditch.
Les évènements de l’année vont s’enchaîner à une vitesse impressionnante : un combat avec un troll, le soir d’Halloween ; le premier match de Quidditch ; l’interminable enseignement du professeur Rogue ; la découverte d’un chien à trois têtes nommé Touffu ; et évidemment, la manie insupportable d’Hermione, Ron et Harry, de se mêler de tout ce qui ne les regarde pas.
La Pierre Philosophale
Au cours d’une nuit et après avoir bien recherché l’information, les trois jeunes sorciers comprennent que la Pierre Philosophale, inventée par Nicolas Flamel et censée donner la vie éternelle, est protégée par Touffu, le chien à trois têtes. Les trois sorciers passent l’un après l’autre sous la trappe après avoir endormi Touffu avec de la musique.
Ils se heurtent donc à différents pièges mis en place par les professeurs de l’école : un filet du diable, des clefs agressives, une partie d’échecs façon sorcier en grandeur nature. A la dernière épreuve, Harry se retrouve seul et pense rencontrer le professeur Rogue qui était, jusqu’à présent, considéré comme celui qui voulait dérober la pierre. A sa grande surprise, Harry se retrouve face à Quirell qui se démontre possédé par Voldemort en ôtant son turban violet. Harry se trouve face au miroir du Risèd pour la seconde fois et se voit en possession de la Pierre Philosophale. Lorsque Voldemort ordonne à Quirell de récupérer la pierre, ce dernier brûle.
Le début d’une longue enquête
Harry est à l’infirmerie et Dumbledore lui raconte que la Pierre Philosophale a été détruite et lui confit un secret : Voldemort ne peut toucher Harry car, en se sacrifiant, sa mère l’a protégé pour un long moment… qui prendra fin un jour.
